＜国税庁・総務省・地方税共同機構からのお知らせ＞令和９年１月以降の給与所得の源泉徴収票の提出方法の改正について
令和９年１月以降、事業者の事務負担の軽減を目的として、給与所得の源泉徴収票の提出方法が見直されます。
会員の皆様におかれましては、下記の事項について、顧客先・関与先へご周知くださいますようご協力お願い申し上げます。
１ 制度改正（源泉徴収票のみなし提出の特例）の概要について
令和５年度税制改正により、令和９年１月１日以後に提出すべき令和８年分以降の給与所得の源泉徴収票（以下「源泉徴収票」といいます。）については、事業者の提出事務の負担軽減を目的として、一定の事項が記載された給与支払報告書（以下「支払報告書」といいます。）を市区町村の長に提出した場合には、税務署長に源泉徴収票を提出したとみなされる（以下「源泉徴収票のみなし提出の特例」といいます。）とともに、提出範囲が支払報告書に揃えられます。
すなわち、支払報告書を市区町村に提出した場合には、源泉徴収票を税務署へ別途提出する必要がなくなります。
源泉徴収票のみなし提出の特例について、国税庁ホームページに特設ページ（注１）が設けられ、本改正に係るFAQ（よくある質問）等や周知用リーフレットについても掲載されています。
（注１）https://www.nta.go.jp/users/gensen/hotei/index/minashi.htm
（特設サイト及びFAQは令和８年４月頃から順次公開されます。）
制度改正の内容について（国税庁ホームページ）
２ eLTAXを利用した支払報告書の提出について
支払報告書については、給与等の受給者の住所地等の市区町村に提出する必要があるところ、支払報告書をeLTAXにより一括提出することで、提出先の市区町村へ自動的に振り分けられます。
源泉徴収票や支払報告書を書面や光ディスク等で提出している事業者におかれましては、源泉徴収票のみなし提出の特例を契機として、eLTAXにより支払報告書を提出していただくことにより提出に係る事務の効率化が見込まれます。
さらに、eLTAXにより提出することで、市区町村から送付される個人住民税特別徴収税額通知を電子データで受け取ることができ、給与事務等の効率化に資するほか、令和９年１月以降、支払報告書に記載された給与情報がマイナポータル連携の対象となる（注２）ことから、従業員が確定申告する際、マイナポータル連携により給与情報が自動で入力されるため、入力ミスの心配もなく、簡単・便利に確定申告書を作成できるというメリットがあります。
eLTAXを利用した支払報告書の提出について、詳しくは、地方税ポータルシステム（eLTAX）ホームページをご覧ください。
また、給与情報のマイナポータル連携について、詳しくは、国税庁ホームページをご覧ください。
（注２）給与情報を正しく連携するため、マイナンバー、氏名（カナ含む）、住所、生年月日等については、記載誤りや不備がないようご注意ください。
eLTAX の利用方法について（eLTAXホームページ）
給与情報のマイナポータル連携（国税庁ホームページ）
３ eLTAXを利用した電子的提出の一元化の機能廃止について
上記改正に伴い、支払報告書及び源泉徴収票をeLTAXにより一括して作成・提出する機能（以下「電子的提出の一元化」といいます。）については、令和８年９月をもって廃止されることとなっております。
また、当該機能で使用していた統一CSVレイアウトも併せて廃止されることからシステム面での影響が生じるため、電子的提出の一元化をご利用の税務ソフト等につきましては、必要な対応や設定変更等についてご留意いただきますようお願いいたします。
さらに、これまでeLTAXの電子的提出の一元化を利用して源泉徴収票を税務署へ提出されていた方につきましては、今後は支払報告書のみ市区町村へご提出いただく必要があります。
４ 国税庁・税務署からの周知予定（参考）
令和８年７月以降、税務署・e-Taxからの送付・配信により次のイからハの周知を予定しております。
イ 書面申告法人及び新設法人等への周知（令和８年７月以降）
書面申告法人及び新設法人等に対して決算月別に毎月発送される郵送物（法人税確定申告のお知らせ）にリーフレットを同封します。
ロ 源泉徴収票の書面提出者への周知（令和８年10月頃）
源泉徴収義務者のうち、これまで源泉徴収票をe-Taxで提出したことがない方など、一定の者を対象に、年末調整関係書類にリーフレットを同封します。
ハ e-Tax利用事業者への周知（令和８年10月以降）
e-Tax利用事業者に対して、e-Taxのお知らせ機能を利用したメッセージを配信します。
